북조계의 고코마츠 천황이 남북조합일 때 약속한 양통 건립을 지키지 않고 자신의 차남인 미히토 친왕을 황태자로 책봉하자

 

1410년 남조의 마지막 천황이었던 고카메야마 상황이 요시노로 잠행하였고 미히토 친왕이 쇼코 천황으로 즉위하자 이세국 국사의 봉기가 이루어졌지만 큰 소득 없이 소령 회복을 조건으로 화의하였다

 

그리고 고카메야마 상황이 세상을 떠난 지 4년 뒤인 1428년에 쇼코 천황까지 세상을 떠나면서 북조의 4대 천황인 고코곤 천황의 직계가 단절되었는데도

 

남북조합일 제외 658년간 이루어지지 않았던 8촌 친척의 계승이 이루어지고 고하나조노 천황으로 즉위하자, 북조 계통이 황위계승권을 상실했다고 여긴 남조 측이 격렬하게 반발하면서 남조 계통의 황족들과 남조를 섬기는 신하들이 여러차례 거병하였다

 

이 중 조정과 무로마치 막부에 가장 큰 충격을 준 사건이 1443년 삼종신기 중에서 2개인 곡옥과 검을 가져간 금유의 변이며, 검은 곧 회수했지만 곡옥은 후남조의 2대 천황인 자천왕의 요시노 조정이 보유하게 되었다

 

그러다 1457년 말에 아카마츠씨의 부흥을 목표로 하는 세력이 요시노 조정을 습격하는 초로쿠의 변을 일으켜서 자천왕과 그의 형제이자 후남조의 정이대장군으로 추정되는 충의왕을 암살하는데 성공하지만 요시노의 향민들에게 붙잡혀 곡옥을 빼앗기고 1458년에 다시 습격하여 곡옥을 회수하는데 성공하였다

 

그 후 1470년까지 여러차례 후남조 세력의 거병이 이어졌고

 

 

오닌의 난 중 1471년 서군이 남조 계통의 황족을 서진남제로 옹립했지만 1473년 서군의 총대장격이었던 야마나 소젠이 병사하자 서진남제에 대한 기록도 끊겼고, 서진남제는 각지를 방랑하다가 1479년 에치젠에 도착했다는 사료를 끝으로 후남조에 관한 기록은 완전히 끊기게 되었다