암모니아 냄새는 낫토 균에 의해 발생합니다. 숙성 종료 후 12~16시간 정도면 암모니아가 증가하기 시작하고, 낫토 냄새는 암모니아 외에 유기산, 지방산, 디아세틸 등이 관여하고 있습니다. 낫토의 품질 저하에 의해 생겨 먹어도 해는 없지만 식용에는 적합하지 않습니다.