시험으로 능력 있는 인재를 선발한다는 취지의 과거는 당연히 공정하게 운영되어야만 하였다.

조선은 건국 초기부터 과거의 부정을 엄격히 단속하고자 하였다.

『경국대전』에 따르면 시험장 안에 책을 끼고 들어오는 협책(挾冊), 남에게 글을 빌려서 시험을 치는 차술(借述), 대리시험을 치는 대술(代述)은 두 차례 응시 자격을 정지시킬 뿐 아니라 장(杖) 일백에 도(徒) 삼 년의 형을 주도록 하였다. 과거 시험장의 하급 서리 및 노복으로 문제를 누설하는 경우 장 일백형으로 처벌하였다.

양란 이후에는 국가운영 전반에 걸쳐서 기강이 해이해졌다. 그와 더불어 과거 운영에서 여러 가지 폐단이 나타나기 시작하였다.

시험장에는 잡인이 들어오지 못하게 하였으며, 함부로 들어오면 붙잡아 수군(水軍)으로 삼았다. 하지만 후기로 가면서 그런 단속은 느슨해지게 되었다.

권세 있는 양반 자제들은 서책을 가지고 들어가거나 심지어 시험지를 베끼거나 하는 사람을 데리고 들어가는 수종(隨從)의 폐단이 있었다. 그러다 보니 많은 사람이 몰리게 되었고 심한 경우 밟혀 죽거나 다치는 사고가 잇달았다.

협책, 차술, 대술 같은 금지 조항도 해이해져서 공공연하게 행해지는 경우도 많았다.

권세 있는 양반자제들은 글을 잘하는 사람을 동원하여 시험장에 데려가서 쓰게 하거나, 시험장 바깥에서 시험지를 써서 전달하기도 하였다. 응시자 숫자가 늘어나다 보니 시관들이 읽고 등급을 매기는 일 역시 번다해졌다.

시간이 촉박하여 몇 줄만 읽거나 일찍 제출한 시험지만 과차(科次)하는 폐단이 생기기도 하였다. 그러다 보니 차술한 시험지를 빨리 제출하거나 시험지를 앞부분에 넣으려 하기도 하였다.

응시자 수가 많다 보니 시험지를 먼저 제출하려는 폐단도 발생하였다. 글씨를 빨리 쓰기 위해 사수(寫手)를 동원하는 경우도 있었다.

과거 응시 인원의 증가는 시험관들의 채점 시간의 부족 등 문제점을 안겨주었다. 수많은 답안을 짧은 시간에 채점하다 보니 검토가 허술해질 수밖에 없었다.

그러다 보니 일찍 제출한 답안지를 합격시키는 병폐가 발생된 것이다. 문장이 긴 경우에는 미리 답안을 작성해 오는 경우도 발생하였다. 전체 문장을 구성하고 몇 글자를 비워두었다가 시제에 따라 적당한 글자를 집어넣은 것이다.

- 1767년(영조 43)에는 책을 끼고 들어오거나 장막을 가지고 수종들이 따라 들어오는 폐단이 계속되자 시험장에 우구(雨具) 외에는 가지고 들어가지 못하도록 제도화하였다.

봉미관 및 서리를 매수하여 감합(勘合)할 때 자기 시험지를 합격 답안지에 붙여서 합격을 꾀하는 경우도 있었다. 그것을 절과(竊科) 혹은 적과(賊科)라 불렀다.

- 1699년과 1712년에 각각 두 차례의 큰 과옥(科獄)〔 기묘과옥과 임진과옥〕이 발생하기도 하였다. 조정에서는 시험 부정과 관련된 형벌을 강화하거나, 합격이 정당한지 검증하는 방식을 취하기도 하였다.

예컨대 영조 대에는 1749년(영조 25) 면시법(面試法)을 시행하여 부정을 막으려고 하였다.

면시법은 복시 합격 발표 다음 날 각자 지은 글을 다시 짓도록 하였으며, 제대로 짓지 못하면 대술(代述), 차작(借作)으로 간주하여 합격을 취소시켰다.

그뿐만 아니라 영원히 해도(海島)에서 군대 생활을 하도록 하는 형벌〔충군율(充軍律)〕을 내리게 하였다. 하지만 면시법은 영조 대에 잠시 시행되었을 뿐 계속 지속되지는 못하였다.